Em outubro de 1864, o Brasil interveio no Uruguai. Em novembro, o Paraguai apreendeu o navio Marquês de Olinda e, em dezembro, atacou Mato Grosso. Em abril de 1865, invadiu Corrientes. Em maio de 1865, Brasil, Argentina e Uruguai formaram a Tríplice Aliança.
Em janeiro de 1869, tropas brasileiras ocuparam Assunção. O conde d'Eu comandava as tropas brasileiras no fim da guerra. Francisco Solano López, ditador paraguaio, morreu em Cerro Corá, em março de 1870. Estima-se que cerca de 75% da população paraguaia tenha morrido.1
A guerra custou aos cofres imperiais 614 mil contos de réis. A soma equivale aos orçamentos públicos dos 11 anos anteriores, e as contas do governo fecharam no vermelho pelas duas décadas seguintes.2 Em 1867, o senador Silveira da Mota pediu uma investigação no Senado sobre por que a guerra consumia tanto dinheiro público.2 Em 1º de maio de 1867, o decreto n. 3.852 criou a Delegacia do Tesouro em Londres, para escriturar a receita e a despesa fora do Brasil.3