A lei de 23 de setembro de 1829 dispôs sobre a liquidação do Banco do Brasil, e a liquidação ficou a cargo da Secretaria da Fazenda. O banco é considerado extinto em 11 de dezembro de 1829, quando terminou o prazo de funcionamento fixado no alvará de 1808. A Caixa de Amortização, criada em 1827, assumiu o pagamento das notas em circulação.
Em 1821, um decreto de 23 de março havia transferido para a Coroa a dívida do banco, ligada em grande parte ao financiamento de gastos públicos. Com a volta da família real a Portugal, saiu dos cofres uma grande soma de metais preciosos e joias, estimada em 200 contos de réis, o que agravou a crise.
Em 1821, as notas emitidas passavam do triplo do capital do banco e que o Tesouro devia ao banco cerca de 4.800 contos de réis, cerca do dobro do capital do banco.2 Os pedidos de empréstimo do Estado não foram a única causa da ruína: contribuíram também a emissão fácil de papel sem lastro suficiente, a má gestão e interesses privados de administradores e acionistas.2