Filipe III de Espanha sucedeu o pai em setembro de 1598 e reinou em Portugal como Filipe II.
Em 1603 foi editado o primeiro regimento das terras minerais. Em 1609 foi criada a Relação da Bahia, primeiro tribunal de apelação da colônia. Entre 1612 e 1616 houve uma colônia francesa no Maranhão, e nesse período foi fundada Belém. Em 1621, o Estado do Maranhão foi separado do Estado do Brasil, data que os estudiosos debatem.
O reinado terminou em março de 1621.