Em 1548, a Coroa portuguesa de Dom João III instalou no Brasil o sistema de governo-geral e escolheu a capitania da Bahia como sede da administração colonial.1
O novo sistema veio com uma nova estrutura administrativa, com a criação e a expedição de regimentos para os cargos de governador-geral e outros ofícios. Na mesma data foram criadas as alfândegas nas capitanias da colônia.1
Em 1549 Tomé de Sousa foi nomeado o primeiro governador-geral do Estado do Brasil, e foi criado o cargo de ouvidor-geral, com Pero Borges como primeiro titular.1