Dom João III, primogênito do segundo casamento de Dom Manuel I, foi aclamado rei de Portugal em 19 de dezembro de 1521.
Em 1530, autorizou Martim Afonso de Sousa a conceder sesmarias em São Vicente. Em 1532, instituiu as capitanias hereditárias, cujas doações começaram em 1534. Na década de 1540, criou o Governo-Geral, instalado na Bahia, e os jesuítas chegaram à colônia.
O rei morreu em 11 de junho de 1557. O herdeiro foi seu neto Sebastião, então com três anos de idade.