Em setembro de 1759, uma lei expulsou a Companhia de Jesus de todos os domínios da Coroa portuguesa.1 A decisão foi tomada pelo Marquês de Pombal, ministro de Dom José I, que concentrava o poder no rei e nos ministros e afastava aos poucos a nobreza e o clero.2
O estopim foi o atentado de 1758 contra o rei. Em janeiro de 1759, o duque de Aveiro e os Távoras foram condenados e executados, e os jesuítas foram implicados.2 A sentença de 12 de janeiro de 1759 os acusou de lesa-majestade e mandou confiscar seus bens.3 A Companhia era também uma potência econômica: na Bahia, o inventário de 1759 listou 184 casas em Salvador, engenhos e cerca de 698 escravizados.4
Em Portugal, a expulsão fez parte de um movimento maior de submeter a Igreja ao Estado. A Real Mesa Censória, criada em 1768, reuniu as competências do bispo, da Inquisição e do Desembargo do Paço, e o Estado passou a decidir quais livros circulavam.3 A meta era secularizar a educação nos moldes ilustrados, não reduzir o papel da Igreja.5 Em 1773, o papa Clemente XIV extinguiu a Companhia, e uma carta de lei de setembro daquele ano mandou cumprir a decisão em Portugal.6
Na colônia, os jesuítas estavam desde 1549 e monopolizavam o ensino até meados do século XVIII.5 O alvará de 28 de junho de 1759 aboliu todas as suas instituições de ensino no Brasil, proibiu seu método e seus compêndios de latim e criou o cargo de Diretor Geral de Estudos.7 Seus bens foram confiscados entre 1758 e 1763 e leiloados a partir de 1761. Ao menos 310 milhões de réis foram arrecadados, e cerca de 280 milhões seguiram para Lisboa até 1764.4 Os jesuítas passaram a ser perseguidos: em 1766, uma carta da Corte ao Conde da Cunha, vice-rei no Rio de Janeiro, mandou manter preso o jesuíta Pedro de Vasconcelos na Ilha das Cobras.8
No lugar das escolas jesuítas vieram as aulas régias, gratuitas, e em 1772 o Subsídio Literário, imposto criado para mantê-las.3 A Companhia foi restaurada pelo papa em 18146 e só voltou ao Brasil em 1841, com cautela, porque se dizia que as leis pombalinas ainda valiam.9 Em 1873, a Questão Religiosa levou a nova expulsão no Nordeste.9 O padroado, pelo qual a Coroa controlava a Igreja, só terminou em 1890, quando um decreto proibiu o Estado de estabelecer religião e o extinguiu.10