Dom Afonso VI tinha três anos de idade quando o pai, Dom João IV, morreu, em 1656. Sua mãe, Luísa de Gusmão, foi regente de 1656 a 1662, e o rei passou a governar por conta própria em 1662.
Em agosto de 1661 e em 1663 foram firmados o tratado de Haia e seu complemento. Em junho de 1663, o Conde de Óbidos tornou-se o segundo vice-rei do Brasil. Em janeiro de 1663 foi promulgado o regimento dos correios-mores, criados no Brasil, e em outubro, o regimento dos capitães-mores das capitanias. Em dezembro de 1665 foi criada a capitania hereditária da Ilha Grande de Joanes.
Em novembro de 1667, um golpe de Estado afastou Dom Afonso VI e o forçou a renunciar, e seu irmão Pedro tornou-se regente. Por isso o registro termina em 1667, embora Dom Afonso VI só tenha morrido em setembro de 1683.